Kasuga Arata levde et normalt liv i en liten by, sammen med barndomsvenn og fetteren, Hijiri Kasuga. Alt endret seg imidlertid på dagen for Black Sun. The Breakdown Phenomenon som ødela byen der han tok Hijiri bort og bor, var forårsaket av den svarte solen. Da Hijiri begynner å fordampe, henger hun en grimoire i nakken og ber om å beskytte Kasuga. Etter å ha mistet alle sine andre venner så vel som familie og Hijiri nød, ber Kasuga om at planeten hans skal bli stor igjen, noe som bidrar til at grimoireen kunstig gjenoppbygger hans vanlige liv, og får ham til å glemme ødeleggelsen av byen og Hijiris forsvinning. . Lilith Asami, en trollmann, blir sendt for å undersøke ruinene, og hun finner den kraftige trylleformelen i deres sted. Hun får Kasuga til å huske de spesifikke hendelsene, og dermed blir fortryllelsen ødelagt, ikke uten at grimoire forteller ham at Hijiri ikke er død. Kasuga bestemmer seg for at hans eneste alternativ vil være å bli en magus selv, og derfor kan Hijiri bli reddet av ham, og han blir derfor med på en hemmelig skole for mages som takler magiske dilemmaer over hele verden, Royal Biblia Academy. Der blir han introdusert sammen med Trinity Seven, syv kraftige kvinnelige mages som er på toppen av de respektive fagene (Lilith er en av dem) som vil hjelpe ham i sitt mål om å bli en sterk trollmann og oppdage sannheten om Hijiri sammen med den svarte solen. Han oppdager snart at en annen av Trinity Seven, Arin, ser nesten ut som sin tapte fetter, selv om hun viser en helt annen karakter.
