Kanons historie, som foregår midt på vinteren, omhandler en gruppe på fem jenter som er knyttet tilbake til den samme gutten. Yuichi Aizawa, hovedpersonen, hadde besøkt byen der historien finner sted syv år før historien begynte.
I begynnelsen er Yuichi veldig løsrevet fra byen og dens innbyggere. Før han kommer tilbake, er det bestemt at han skal bo hos kusinen, Nayuki Minase, og moren hennes, Akiko. Etter sitt lange fravær har Yuichi glemt nesten alt bortsett fra små detaljer om hva som skjedde syv år før og trenger å bli minnet om hva han etterlot seg.
Dagen etter Yuichis hjemkomst er han ute med Nayuki som viser ham rundt i byen. Nayuki husker at hun må kjøpe ting til middag og Yuichi er motvillig til å gå med henne, og argumenterer for at han kan gå seg vill. Øyeblikk etter at Nayuki lot ham vente på fortauet, kommer en merkelig jente ved navn Ayu Tsukimiya inn i ham med liten advarsel. Når hun kommer seg, drar hun ham bort til en kafé i nærheten og innrømmer å ha stjålet en pose fylt med taiyaki ved et uhell etter å ha blitt skremt bort av selgeren før hun hadde mulighet til å betale. Yuichi drar deretter Ayu tilbake til selgeren, de beklager begge problemer, og Ayu blir tilgitt. De bestemmer seg for å møtes igjen en annen dag, og Ayu løper av gårde.
Yuichi er ikke klar til å begynne med, men tre andre jenter som han hadde glemt er kjent med ham. Gjennom historien, mens han lærer om byens overnaturlige undertoner, blir Yuichi minnet om hver jente og hendelsene for syv år siden i byen dekket av snø.
