I 2065 er Jorden i sentrum for en krig med ytterligere dimensjonale romvesener kalt Nova. De væpnede styrkene utvikler og trener Pandoras, døtre som kan benytte seg av spesielt genetisk vev kalt Stigmata (Seikon) for å vise overmenneskelige kampvåpensystemer og ferdigheter. Støtter Pandoras er mannlige partnere kalt Limiters, som bruker spesielle "frysende" krefter for å begrense konkurransens frihet.
Noen av disse begrenserne er Kazuya Aoi, hvis avdøde søster var en Pandora. Kazuya møter en sterk Pandora, Satellizer el Bridget, med kallenavnet den uberørbare dronningen, på grunn av sin vanskelige stil og hennes ekstreme afefobi mens hun deltok på West Genetics Academy i Japan. Til tross for advarsler fra skolekameratene om å holde seg unna Satellizer, er hun blitt venn med Kazuya, og ber om å være hennes begrenser. Satellizer samtykker i å omgås ham, selv om hun snart faller på en konkurranse i kjærlighetsaffære ved navn Rana Linchen, som mener Kazuya er hennes sjelefrende etter å ha støttet henne gjennom flere kamper mot høyskolemotstandere av skiftende stillinger og kurs. Når novaene angriper college deres ved å bruke Pandoras under deres kontroll for å få tilgang til institusjonens underjordiske laboratorium, blir konkurransen deres borte.
Satellizer og Kazuya slutter seg til noen av West Genetics-elevene til et laboratorium i Alaska, hvor de kan være å hjelpe sammen med Evolution Pandora (E Pandora) -oppgaven, slik at normale kvinner får Stigmata-transplantasjoner til å bli Pandoras. Når en blant E Pandoras går berserk, utsteder de andre om medisinene i eksperimenteringen ikke er farlige, men er laget for å adlyde ønsker fra forretningsorganisasjonen så vel som lederen. Da E-Pandora Amelia Evans fant ut at de skal brukes før de har blitt brukt, leder det et opprør som eskalerer til en fullstendig Nova Clash.
Kazuya lærer mer om familiens koblinger til Nova så vel som Pandora. Kazuyas bestefar Gengo Aoi fant den samme jobben, som setter Rana og Satellizer i et unikt team med kvinner som heter Valkyries. Ikke desto mindre oppleves vrangforestillinger gjennom Pandoras gjennom demonstrasjonsaktiviteten med spesialdesignet Nova, som er dummy, og dummy Novas blir en legion på 100-tallet Nova som desimerer genetikk. Gengo motvirker dette ved å slippe løs de legendariske pandorene som er tantene til Kazuya. Chevalier-forsøket på å myrde Gengo ved å bruke flere fanger, kalt Busters, når noen få av de legendariske pandorene endres til dødelige novaer, men oppdraget faller fra hverandre.
