Oppsummering
12.000 år etter hendelsene i Sousei no Aquarion, er menneskeheten truet av en ny fiende fra andre dimensjoner som er merket "bortførere", som akkurat som Shadow Angels, invaderer de menneskelige byene for å kidnappe innbyggerne. For å forsvare menneskeheten mot denne invasjonen, oppretter Neo-DEAVA-organisasjonen to lag, et sammensatt av bare hanner og et annet av kun kvinner, hver pilot sine egne gigantiske maskiner kalt “Aquaria”. For å beskytte sin nye venn Mikono bestemte tenåringen Amata Sora å bruke kreftene han har holdt hemmelig hele livet, og ved å kombinere vektorer med mannlige og kvinnelige piloter i en enkelt robot blir den legendariske giganten Aquarion gjenfødt igjen.